Post-doc (2004-2005)

En enero de 2004, becada por la organización europea de biología molecular (EMBO), me uní al grupo del profesor Pavel Hobza con el propósito de extender mi formación al campo de las modelizaciones moleculares y al estudio de sistemas de interés biológico.

Durante mis dos años de estancia post-doctoral EMBO he procurado diversificar mi actividad científica:

Por un lado, he aplicado mi experiencia en cálculos ab initio al estudio de la interacción entre pares de ácidos nucleicos, estudio éste publicado en un artículo que ha recibido múltiples citaciones (Valdés et al. J. Phys. Chem. A 2005109, 1131).

Por otro lado, he aplicado mi experiencia en el análisis de la naturaleza de la interacción intermolecular al estudio de sistemas modelos de péptidos hidratados (Valdés et al. Chem. Phys. 2006, 331, 96) como parte de una colaboración con el grupo del profesor Sergio Galembeck (Universidad de Sao Paolo, Brasil).

Por último, he sido la responsable de comenzar y desarrollar una nueva línea de investigación acerca de péptidos aislados en fase gas con cadenas laterales aromáticas, que ha constituído el proyecto principal de investigación durante mi post-doctorado. Este proyecto se ha llevado a cabo en colaboración con el Dr. M. Mons (Laboratorio Francis Perrin, CNRS, Francia) y el Dr. de Vries (Universidad de Santa Bárbara, California, E.E.U.U) quienes han contribuido significativamente a la mejora de las técnicas experimentales utilizadas hoy en día para el estudio de biomoléculas en fase gas. Mi investigación en este campo ha incluido varios estudios. En el primero de ellos, publicado en una de las revistas de más alto índice de impacto dentro de su área de conocimiento (ver Valdés et al. Chem. Eur. J. 200511, 6803) y clasificado como VIP paper, se han evaluado y calibrado los métodos teóricos aplicados al estudio de péptidos aislados y se ha propuesto por primera vez en la literatura una robusta y rigurosa estrategia de cálculo aplicable al estudio de cualquier péptido de pequeño tamaño. La relevancia de este trabajo dentro del campo de las biomoléculas en fase gas también se manifiesta en el número de citaciones que ha recibido en los últimos años así como en el hecho de que he sido invitada a presentarlo oralmente como Hot Topic en la Gordon Research Conference en Biomoléculas en fase gas; (Maine, USA, 2005), en el MIBII (Praga, 2005), y también en seminarios en diferentes universidades españolas (Departamento de Química-Física e Inorgánica (Universidad de Valladolid) y Departamento de Biología y Biología Molecular (Universidad de Barcelona)). Posteriormente, he estudiado varios péptidos para los que los resultados experimentales existentes no son suficientemente concluyentes y donde por tanto, la contribución teórica ha resultado determinante. Este es el caso, por ejemplo, de los péptidos WG y WGG para los que por primera vez en la literatura se ha reportado su estructura molecular (Valdés et alJ. Phys. Chem. B 2006110, 6385). La calidad de este trabajo queda reflejada tanto en el número de citaciones recibidas como en el hecho de que éste ha motivado a los grupos experimentales con los que colaboramos a modificar ligeramente su técnica experimental con el objetivo de detectar un confórmero del péptido en cuestión reportado en el estudio teórico y que hasta el momento no había sido reportado experimentalmente.

Puede decirse que los resultados obtenidos a partir del trabajo llevado a cabo durante mi estancia post-doctoral EMBO, han contribuido favorablemente a la obtención de información que permite elucidar las razones que determinan la estructura molecular de los péptidos (crucial en su función biológica). Además, se ha hecho por primera vez un estudio exhaustivo y detallado de la importancia que las fuerzas no covalentes desempeñan en la estabilidad de los sistemas péptidicos con cadenas laterales aromáticas. A este respecto cabe señalar, que el profesor Pavel Hobza es uno de los expertos mundiales en el campo de las interacciones no covalentes sobre cuyo estudio en complejos moleculares ha centrado gran parte de su carrera científica y que con el estudio de péptidos ha querido ampliar a sistemas aislados. Me gustaría señalar por último que algunos de los trabajos mencionados anteriormente han formado parte de la tesis doctoral del Dr. David Reha, a quien he supervisado desde mi llegada a Praga hasta la defensa de su tesis doctoral.